在評價腐熟度指標的方法中，比較常用的有碳氮比指標，耗氧速率的測定，NO3- -N和NH4+-N的測定比較快速而簡單，而用氫氧化鈉溶液吸收堆料產生的CO2氣體以確定其產生量的方法經常作為標準的實驗室對比試驗方法。

但是應用這些評價方法經常會得到不同的結果，這是因為堆肥的腐熟度受很多因素的綜合影響，單個指標的評價只能片面地反映某個阻礙因素的作用，不能最直接反映植物的生長特性。

因此，不能用單一的指標評價堆肥的腐熟度。而堆肥產品最終要作為有機肥應用于作物的生產，種子發芽指數是一個很好的生物指標，綜合反映了堆肥產品的植物毒性，所以目前較為認同的堆肥腐熟度的評價方法是將化學指標與生物指標結合起來，采用多種分析方法測定多個指標，然后根據這些指標綜合分析堆肥的腐熟狀況。

美國加利福尼亞堆肥質量委員會(CCQC)建議必須用兩項以上的化學/生物指標來評價堆肥的腐熟度。

評價指標由三部分組成：

① 碳氮比;

②A組測試指標中的至少一項;

③B組測試指標中的至少一項。

在進行A組和B組的測試之前，C/N的測試必須要達到小于或等于25。

A組測試指標：主要是表征堆肥中有機物質的降解程度，內容有CO2的釋放量、氧氣的消耗速率和自熱產生量。

B組測試指標：主要是表征堆肥產品可能會對植物產生的毒性的一些化學性質，內容有NH4+-N和NO3--N的比例、氨濃度、揮發性有機酸的濃度及種子發芽或植物生長試驗。