生物有機肥發酵制作過程中一般都是復合菌劑使用的比較多，針對需要降解的不同物質或不同的堆肥目的選用不同的菌種，比如原料是秸稈類就要先能降解纖維素類的，要控制高溫期的溫度和持續時間就要不同菌種來配比。不同菌劑區別就是針對的原材料不同，效果不同，內在原因就是菌種種類不同，配比不同。

通常生物有機肥發酵過程中，需要的菌有細菌、真菌、放線菌等類型。

其中：

細菌——快速吸收可溶性、易分解的有機物，對發酵升溫起到主要作用。

放線菌——分解纖維素、溶解木質素，降解纖維能力不及真菌，但是比真菌耐受高溫和PH，是高溫期分解纖維素、木質素的優勢菌，且能產生一些抗生素，抑制部分有害菌的生長。

真菌——分解木質素、纖維素。最適生長溫度是25-30℃，產生孢子，不易被殺滅。

堆肥中，細菌總數＞放線菌＞真菌。

另外在生物有機肥堆肥的大小也有講究，需要注意平衡：一個是微生物有機肥發酵菌堆肥大小，微生物有機肥發酵菌堆肥如果太小堆，熱量主容易散失，堆肥就不易發熱；微生物有機肥發酵菌堆肥如果太大堆，空氣就不容易滲透到最里面去，就會產生空氣不足的問題。另一個微生物有機肥發酵菌堆肥材料的顆粒大小，如果顆粒太大，那表面積就相對較小，分解的速度會比較慢；如果顆粒太小，空氣就不容易進入 ，一樣會有空氣不足的問題。